К этим прибавились и другие причины: реформа местного епископата, состоявшая в том, что Филипп создал четырнадцать епископств (1561 г.), вместо прежних четырех, как для того, чтобы крепче держать духовенство в своих руках, так и для того, чтобы располагать большим числом преданных ему голосов в генеральных штатах (что вызвало недовольство и духовенства и генеральных штатов); известие о соответствующих статьях договора между Филиппом и Генрихом II Французским, заключенного в Като-Камбрези; боязнь возможного установления инквизиции по испанскому образцу, основанная на том, что реформа епископата является лишь подготовкой к этому шагу, и на том, что король систематически настаивал на исполнении отцовских декретов, направленных против протестантов (чему противилась Маргарита Пар мекая); и, наконец, попытки централизации, которые делал Филипп во время своего пребывания во Фландрии и которые после его отъезда выразились в полном пренебрежении к национальным обраниям (генеральным штатам, см. дальше) и к государственному совету (который он сам создал в качестве совещательного органа при своей сестре).
Все перечисленные серьезнейшие причины усугублялись давно существовавшей антипатией Филиппа к фламандцам (в отличие от Карла), которые отвечали ему тем же. Идеи, вкусы, сам образ жизни—все отличало Филиппа от его подданных. Независимое поведение некоторых местных аристократов (аналогичное поведению адмирала Кастилии по отношению к Карлу 1) сильно задевало короля. Филипп стал с подозрением относиться к их лойяльности и в особенности к поведению принца Вильгельма Оранского, правителя Голландии и Зеландии, и графа Эгмонта, правителя Фландрии и Артуа. Раздражение Филиппа против Оранского выразилось в сильных упреках, которые он ему адресовал при отбытии в Испанию. Король назвал его единственным виновником тех трудностей, с которыми он столкнулся в генеральных штатах.