Два советника Филиппа, один в Испании (Альба), другой во Фландрии (Гранвела), убеждали короля принять решительные меры, в особенности против протестантов (кальвинистов), которые после вынужденного отвода испанских войск воспрянули духом и стали открыто совершать свои богослужения и слушать своих проповедников. Несмотря на приказ Филиппа о прекращении протестантского богослужения, фламандские власти отказались его выполнить, да и сама правительница сочла очень опасным настаивать на исполнении приказа Филиппа.
Фламандская знать, недовольная действиями Граивелы (назначение которого архиепископом малинским с титулом примаса, то есть главы всей местной церкви, еще более усилило недоверие к нему), отправила в Испанию своего представителя, барона де Монтиньи, для принесения жалобы королю. Филипп оставил эту жалобу без внимания. В виде протеста герцог Оранский и граф Эгмонт отказались от своих должностей советников (1563 г.), а фламандская знать направила Филиппу несколько писем, в которых выдвигалось требование об отставке Гранвелы. Некоторое время Филипп никак не реагировал на эти требования, но в конце концов Гранвела получил отставку (1564 г.). Казалось, что эта мера внесет успокоение. Несмотря на сопротивление правительницы, злоупотребления и насилия, чинившиеся приспешниками Гранвелы, продолжались, поддержанные втайне самим королем. Инквизитор Тительман доходил до такой крайности, что осуждал без всякого следствия даже людей, известных своей приверженностью к католической вере. Недовольство всех социальных слоев населения сильно возросло, и религиозная борьба резко обострилась.
Местная знать, убедившись в том, что отставка Гранвелы ничего не изменила, снова отправила к королю своего представителя, на этот раз графа Эгмонта (январь 1565 г.). Король обещал исправить недостатки в управлении страной и смягчить суровость принятых мер. Но на деле он предложил правительнице следить за строгим исполнением ранее отданных приказов, в особенности направленных против протестантов (октябрь 1565 г.), то есть как раз тех приказов, по поводу жестокости которых специальная комиссия из фламандских епископов и теологов сделала королю представление.