Сам Филипп, невзирая на приказ, отданный войскам, попытался с помощью специального посланца заключить новый договор (январь 1578 г.), но все было напрасно. В первых числах декабря дон Хуан уже привел в боевую готовность часть своей армии. Фламандцы заключили с Англией договор о помощи людьми и деньгами, и война началась.
Вначале дону Хуану удалось одержать ряд значительных побед. Однако его остановил вечный недостаток в деньгах, которые король не присылал, в то время как силы Оранского непрерывно увеличивались. Подавленный оборотом событий, а также убийством своего личного секретаря Зскобедо (см. дальше), дон Хуан заболел злокачественной лихорадкой, от которой в скором времени и умер (1 октября 1578 г.). В это время испанское владычество распространялось лишь на юго-восточную часть фламандских провинций—Намюр и Люксембург.
Фарнезе и его преемники. Отделение Нидерландов. Преемником дона Хуана стал Александр Фарнезе, опытный военачальник, а как политик—более умный и хитрый, чем его предшественник. Использовав непрерывно возраставшие разногласия во вражеском лагере между католиками и протестантами, Фарнезе сумел привлечь на свою сторону первых, которые подписались под официальным признанием прав Филиппа II на Нидерланды (апрель 1579 г.). К этой дипломатической победе следует прибавить еще ряд блестящих военных успехов: взятие Мастрихта, Лувена, Малина, Брюгге и других городов (1579 г.). Эти успехи, которые вновь расширяли территорию испанского господства, были несколько обесценены опрометчивым шагом испанского правительства, объявившего награду за голову-Оранского (25 ООО золотых и другие выгоды). Фарнезе противился этому ошибочному шагу, но был вынужден уступить требованиям короля и кардинала Гранвелы. В ответ Валонские провинции объявили себя независимыми от Испании (1581 г.). Положение усложнялось в связи с вторжением во Фландрию французской армии под командованием герцога Анжуйского, который прибыл на помощь восставшим, хотя и в сугубо личных целях. Неправильное поведение герцога (отсутствие такта, нетерпимость и честолюбие) быстро восстановило против него страну. Анжуйский вынужден был вернуться во Францию.