Спустя 10 месяцев Эскобедо был убит на одной из мадридских улиц (10 марта 1578 г.). Общественное мнение прямо обвиняло Переса в убийстве. Сын Эскобедо обратился с жалобой к королю, который в то время решил не принимать никаких мер против своего секретаря. Семья Эскобедо и враги Переса (в том числе некоторые королевские секретари) продолжали настаивать на наказании виновного в убийстве. Только через 16 месяцев Филипп приказал схватить Переса вместе с княгиней Эболи—его любовницей и самой близкой советчицей. Арест Переса мотивировался ссорой с другим секретарем короля—Васке-сом и нежеланием мириться. Четыре месяца Перес находился под арестом в доме алькальда Альваро Гарсиа де Толедо. Затем ему разрешили вернуться домой. Помирившись с Васкесом, Перес приступил к своим обычным обязанностям.
Тем не менее следствие продолжалось, и в ходе его против Переса возникли обвинения в должностных преступлениях, расточительстве, любовной связи с княгиней Эболи и т. д. В январе 1585 г. был вынесен приговор, основанный, по всей видимости, только на фактах должностных преступлений. Перес был приговорен к двум годам тюрьмы, лишению прав занимать должности сроком на три года и крупному штрафу. Следствие по делу об убийстве Эскобедо, наряженное Филиппом в 1582 г., шло своим чередом. Один из убийц написал Филиппу письмо, в котором представлял доказательства того, что Перес был инициатором убийства Эскобедо.
В феврале 1590 г. он был снова арестован и подвергнут пыткам. Два месяца спустя Пересу удалось бежать в Арагон. Здесь он прибег к покровительству «великого судьи» Арагона дона Хуана деДанусы, который, пользуясь своими привилегиями, предоставил ему убежище, поместив его в тюрьму. Тогда король заочно приговорил Переса к смертной казни (10 июня). Перес в ответ опубликовал мемориал, в котором утверждал, ссылаясь на письма короля, что приказ об убийстве Эскобедо был отдан самим Филиппом. Этим он еще больше раздражил короля. Перес был дополнительно обвинен в разных преступлениях и, между прочим, в ереси. В дело вмешалась инквизиция, которая перевела его в свою тюрьму.