Желая поскорее отделаться от Переса, городские власти этому не препятствовали. Но население Сарагосы усмотрело здесь нарушение своих прав и взбунтовалось (24 мая 1591 г.). Друзья Переса воспользовались восстанием для того, чтобы связать его дело с борьбой за вольности Арагона. Выпущенный на свободу Перес поспешил выбраться из Сарагосы, не веря в свою безопасность в этом городе, тем более, что король отправил войска против Сарагосы. После тяжелых и длительных скитаний Пересу удалось, наконец, переправиться через Пиренеи (ноябрь 1591 г.).
Вскоре при поддержке французов в Испанию прибыло несколько авантюристов с намерением поднять восстание в Арагоне (февраль 1592 г.). Но большая часть местного населения не приняла в нем участия, и потому солдатам Филиппа II не стоило большого труда подавить вспыхнувший мятеж.
За месяц до этого нового мятежа в Сарагосе были казнены участники предыдущего. Еще в середине 1591 г., когда арагонцы узнали о приближении королевских войск, среди них начался раскол. Одни, не веря в успех, склонялись к отказу от борьбы, другие усматривали во вторжении кастильских войск новое нарушение своих привилегий и потому стояли за сопротивление. Среди них были представители знати, духовенства и сельского населения. Сарагосские горожане, раскаивавшиеся в том, что они оказывали покровительство Пересу, склонялись к покорности. Королевские войска без особых усилий заняли Сарагосу. В короткое время им удалось уничтожить отряды повстанцев, рассеянных по стране, а также избавиться от всякого рода авантюристов и бандитов, которые, воспользовавшись беспорядками, в течение нескольких месяцев нарушали общественное спокойствие. С помощью обещаний король сумел добиться от «великого судьи» возвращения тех представителей знати, которые бежали еще до подавления мятежа. Но как только они возвратились, король приказал немедленно схватить их и судить.