Не желая рисковать, он счел за лучшее на время отступить в тень и под предлогом выполнения данного при осаде города Афития (в Халкидике) обета отправился на поклонение к оракулу Аммона в Ливии.
Однако в его отсутствие противная группировка, возглавляемая царем Павсанием, еще более активизировалась, и когда зимой 404/3 г. началась новая смута в Афинах и вернувшийся из Ливии Лисандр выступил с инициативою немедленного вмешательства в пользу афинских олигархов и даже добился соответствующих назначений для себя и для своего брата Либия, царь Павсаний с согласия большинства эфоров авторитетно вмешался в начавшуюся уже кампанию и, приняв на себя верховное командование, довел дело до всем известного примирения, в первую очередь ради того, чтобы не допустить возвращения к власти в Афинах лично связанных с Лисандром олигархов.
Хотя по возвращении в Спарту Лисандру удалось, склонив на свою сторону второго царя Агиса, возбудить против Павсания дело по обвинению в государственной измене, состоявшийся процесс закончился оправданием Павсания, и это несомненно означало новое политическое поражение Лисандра. Развивая свой успех, противная группировка вскоре добилась ликвидации основанной Лисандром системы декархий, тем самым решающим образом подорвав его могущество за пределами Спарты.
Нет нужды, таким образом, отрицать политическое падение Лисандра, свершившееся в ближайшие год или два по окончании Пелопоннесской войны, хотя, с другой стороны, и не следует, по-видимому, придавать этому факту абсолютное значение. В различных городах Эллады, в особенности в малоазийских, у Лисандра оставались многочисленные друзья, а следовательно, и известное влияние, да и в самой Спарте, как это показала история с избранием на царство Агесилая, он продолжал обладать значительным весом. В последующие годы он по крайней мере дважды еще попытался использовать это для нового возвышения.