В 352 г. в ходе успешной военной кампании Филипп расширил македонские владения на Фракийском побережье до Пропонтиды, к 348 г. он завершил покорение Халкидики, а в 346 г. добился очень важного политического соглашения с лидером свободной Эллады Афинами. Заключенный в этом году так называемый Филократов мир не только санкционировал все доселе сделанные Филиппом захваты, но и подготовил — отречением афинян от дружбы со «святотатцами» — последовавшую расправу над Фокидой. Еще в том же году Филипп вместе с фессалийцами и беотийцами вторгся в Фокиду и принудил последнего фокидского стратега-автократора Фалека к капитуляции.
Македонский царь вел борьбу с фокидянами как защитник дела амфиктионов. В соответствии с этой принятой на себя ролью он предоставил решение судьбы побежденных Совету амфиктионов, который теперь после долгого перерыва снова смог собраться в Дельфах. По воле царя и по приговору амфиктионов фокидяне были полностью разоружены, их укрепленные города подлежали срытию, а жители — расселению по деревням. На страну был наложен тяжелый денежный штраф в возмещение убытков, понесенных казной дельфийского храма. Наконец, фокидяне лишились доступа в святилище и участия в Совете амфиктионов. Отобранные у фокидян два голоса, которыми они располагали в Совете амфиктионов, закреплялись за македонским царем, который таким образом официально получал доступ в самое почтенное из всех религиозно-политических объединений в Элладе. Более того, специальным решением на македонского царя вместе с фессалийцами и беотийцами возлагалась впредь забота о подготовке и проведении Пифийских празднеств, что фактически означало закрепление за Филиппом руководящей роли в Амфиктионии. Реорганизация Амфиктионии была увенчана провозглашением общего мира, хотя он и имел первоначально силу лишь для членов Амфиктионии.
Итогом третьей Священной войны было, таким образом, полное уничтожение опасного смутьяна в Средней Греции — Фокидского государства.