Центральную часть собора занимают алтарь и хоры. Пространство сзади от хоров, Trascoro, оформлено художником Берругете. Оно предназначалось для верующих, стоявших позади хора, которым при богослужениях отводилась роль пассивных слушателей. Вход на хоры отгорожен решёткой работы Доминго де Сеспедеса (1548 г.). Рассказывают, что церковь отказалась оплачивать его труды, но гордость художника заставила его завершить эту работу на собственные средства. И он закончил свои дни в нищете, продавая иконки у Пуэрта дель Мольете. Хоры – пожалуй, самая выразительная часть собора. Они состоят из верхнего ряда в стиле ренессанс, вырезанных Берругете и Фелипе де Боргонья, и нижнего ряда работы Родриго Алемана. Резьба на креслах мастерски изображает войну в Гранаде и её победоносные эпизоды, на каждом кресле разные. Misericordias, опоры под откидными сиденьями для усталой пятой точки каноника, изображают интересные, порой не совсем пристойные сцены.
За решёткой в стиле платереско, ограждающей главный алтарь, можно увидеть ретабло в стиле «пламенеющей готики», созданное 27 художниками под руководством Сиснероса. С наружной стороны алтаря находится могила кардинала Мендосы, духовника Изабеллы Кастильской («Католической»), и статуи Альфонса VIII и Аль-Факи, мавра, который помог Альфонсу VI выбраться из одной политической передряги. Заднюю барочную сторону алтаря освещает El Transparente, фонарь работы Нарсисо Томе.
На стенах зала капитула с кессонным потолком в технике артесонадо висят портреты всех толедских архиепископов. И Эль Греко, и Гойя, и Веласкес рисовали своих современников для этой галереи. Ризница – это целый музей, в котором доминирует картина Эль Греко «Эксполио» («Воины срывают одежды с Христа»). Здесь ещё множество картин Луки Джордано, Тициана, Рафаэля, Ван Дейка, Гойи и Караваджо.
За собором лежит квартал Баррио Посо Амарго (Barrio Pozo Amargo), квартал «горького родника». Это густонаселённый городской квартал, название которого напоминает о двух несчастных влюблённых, своим самоубийством испортивших воду источника. Мимо этого квартала улица Калье де ла Сьюдад (Calle de la Ciudad) ведёт в старый еврейский квартал, в котором сосредоточен целый ряд достопримечательностей.