Вероятнее всего, с IV в. было 14 епархий, составлявших синод Кипрской церкви во гпаве с архиепископом. Церковное деление на епархии, по-видимому, совпадало с гражданским административным делением острова, как это было и в других странах. Начиная с эпохи императора Константина Великого Кипр, очевидно, перестал быть самостоятельным в церковном отношении, сделавшись политически зависимым от Антиохийской церкви, с которой у него издавна были особо близкие отношения, благодаря тому, что апостол Варнава перед организацией церкви на Кипре занимался устройством Антиохийской церкви. Несмотря на тесные дружественные связи, некоторые антиохийские патриархи пытались присоединить православных киприотов и упразднить их самостоятельность. Спор обострился в начале V в., когда после смерти архиепископа Троила патриарх Анти- охийский Иоанн захотел подчинить Кипрскую церковь. Однако жители Кипра отвергли вмешательство Иоанна, попросив созванный в 431 г. Ill Вселенский собор утвердить автокефалию Кипрской церкви, что и было сделано 8-м правилом упомянутого собора. Это решение, однако, не остановило спора об автоке- фальности Кипрской церкви. Антиохийские патриархи не оставили попыток присоединения православных киприотов. По этой причине решение III Вселенского собора было подтверждено на соборе, созванном императором Византии Зеноном. а позже автокефалия была в очередной раз подтверждена 39-м правилом V-VI Вселенского собора (691).
В византийский период, после избавления от арабской угрозы в X в. в Кипрской церкви наблюдается развитие монашеской жизни. Одновременно с отшельничеством развивается и общежительное монашество. Монастыри служили не только местом духовных подвигов, они были центрами просвещения, культуры, хранения национальных традиций киприотов. Доныне сохранились основанные в XI в. такие монастыри, как Махерский, Киккский, Троодосский и др.
В следующий период своей истории (1191-1751) Кипру пришлось многое претерпеть от своих новых завоевателей. В 1196 г. на Кипре была насаждена латинская иерархия, состоявшая из католического архиепископата с кафедрой в Левкосии (Никосии) и трех епископов с кафедрами в Аммохосте (Фамагусте), Лемесосе (Лимассоле) и Пафе (Пафосе).