Среди открытых в ходе раскопок памятников древности стоит отметить агору, театр, амфитеатр, одеон, ас- клепион. Кроме того, здесь были храмы, посвященные Афродите, Артемиде, Аполлону, Зевсу и, вероятно, Дионису, а также места, посвященные культу сначала Птолемеев, а затем римских императоров. Однако, хотя считается, что уже в середине I в. христианство получило распространение в Неа-Пафосе благодаря св. Павлу и св. Варнаве, здесь не обнаружено ни одного места христианского культа, относящегося к периоду, предшествующему IV в. В первой половине IV в. сильные землетрясения в очередной раз разрушили крупные кипрские города, и в том числе Неа-Пафос. При восстановлении городов, руководствуясь причинами стратегического и попитического характера, отдапи предпочтение Сапамину, который под названием Констанца стал столицей острова. Тем не менее жизнь в Пафосе не останавливалась, и уже к концу IV в. многие здания были восстановлены и богато украшены. Город стал резиденцией епископа. Впервые об этом упоминается в 325 г. н.э. на Никейском соборе. В данный период были построены многие памятники, и среди них базилика Хрисополитисса, одна из самых крупных построек, известных на сегодняшний день на острове. В результате набегов арабов в середине VII в. остров вступил в самый мрачный период своей истории. С этого времени начинается медленный, но неуклонный упадок Пафоса. Город утрачивает свою былую роль, в течение нескольких веков здесь не строится ни одного заметного здания. Впоследствии Неа-Пафос вновь приобретет значение — сначала после 965 г., когда остров опять присоединился к Византийской империи, а затем в эпоху правления Лузиньянов (1192-1489).
К этому времени относятся несколько готических церквей и замков, в том числе замок Саранта-Колонес и крепость, расположенная около порта. Однако к концу франкского периода город снова начал приходить в упадок, в венецианский период он еще более обеднел, а во время трехвекового турецкого правления его положение совсем ухудшилось. Население ушло во внутренние районы и обосновалось на плоскогорье, которое было гораздо меньше подвержено нападениям извне. В настоящее время именно здесь располагается современный Пафос — Ктима-Пафос, или Пано-Пафос.