Орудием католической реакции стали в первую очередь новые религиозные ордена: театинцы, капуцины, барнабиты и в первую очередь иезуиты. В Риме была восстановлена инквизиция по испанскому образцу. Другим действенным орудием контрреформации стали решения Тридентского собора (1545—1563), укрепившие поколебленный авторитет пап и покончившие с наиболее вопиющими злоупотреблениями духовенства. Наконец, чтобы полностью подчинить своему контролю духовную жизнь общества, папы издали в 1559 г. индекс запрещенных книг; впредь любой книге, издаваемой в Италии, предстояло предварительно пройти через руки цензора-инквизитора. Многие книги выдающихся писателей и мыслителей (Боккаччо, Макиавелли, Эразма Роттердамского и др.) подверглись запрету или сокращению.
Беспощадная деятельность таких пап, как Павел IV (1555—1559), Пий IV и Пий V, увенчалась успехом. В первую очередь пострадали приверженцы Реформации. Кто не сумел спастись бегством, должен был отречься от своих взглядов или же кончал жизнь на костре. Но папы не ограничивались преследованием протестантов. Религиозная реакция распространилась и на гражданскую жизнь. С угрозой стать жертвой инквизиции столкнулся каждый, чей образ мыслей и действия казались опасными не только церкви, но и властям. Католическая реакция стала союзницей политической реакции. Этим в значительной мере и объясняются успехи контрреформации в Италии.
В крупных централизованных европейских государствах папы столкнулись с противодействием государей, в Италии же мелкие правители усмотрели в католической реакции удобное орудие борьбы как с политическими, так и с классовыми врагами. Так, при прямом содействии Козимо I в 1567 г. был сожжен за ересь Пьетро Карнесекки. Вице-король Неаполя послал своих солдат против вальденсов Калабрии. Нельзя забыть и того, что Венеция выдала папской инквизиции наиболее крупного мыслителя своего времени, борца за прогресс в науке Джордано Бруно.