В отличие от арабов германцы не сразу поняли, что Мальту легко захватить, но трудно удержать. Едва только флотилия Рожера скрылась за горизонтом, мусульмане подняли восстание. Бунт был подавлен в 1127 году сыном покойного графа, которому пришлось повторно занимать архипелаг. Рожер II подавил сопротивление мусульман, наложил на островитян контрибуцию и упрочил норманнское господство с помощью гарнизонов с наместником-христианином. Однако полностью искоренить ислам не удалось ни ему, ни тем, кто пришел следом. Из документов конца XII века известно, что тогдашние мальтийцы разговаривали на итальянском языке и быстро приобщались к новой культуре, видимо ощутив себя жителями полноценной европейской страны. Последний норманнский король умер, не оставив наследников, поэтому Мальта перешла под управление германских императоров. В 1249 году ее представитель Фридрих II расправился с «неверными» на всех своих землях, не забыв и арабов Мальты. Однако с островов бежали далеко не все мусульмане; многие приняли христианство, чем спасли себя и своих родственников, не пожелавших покидать обжитые места.
С 1268 года архипелаг принадлежал сицилийскому королю Карлу I Анжуйскому, затем находился под контролем испанцев – арагонских и кастильских правителей. Официально Мальта не входила в состав Сицилийского королевства, и островами долгое время распоряжались феодалы. Последним из них был некий Гонсальво Монрой, свергнутый и затем изгнанный восставшими островитянами. Конфликт разрешился в 1398 году, когда обиженный наместник принял от жителей Мальты 30 тысяч флоринов, а король Альфонс V Арагонский, не желая кровопролития, согласился присоединить острова к своим владениям. Тогда же старая столица получила европейское название Мдина.
Вплоть до прихода иоаннитов Мальта управлялась сицилийскими правителями, жила по законам Сицилии и развивалась одновременно с ней. Население архипелага относило себя к сицилийскому народу, отчего не осознавало своей самобытности.