Их численность ненамного уступала королевскому войску, что безусловно понимали монархи, которым приходилось считаться со столь грозной силой. Маргат рыцари занимали почти столетие, во второй по величине и значению резиденции произошли эпохальные для ордена события. Так, именно в ней был принят устав, разделивший организацию по национальному признаку на языки (нации). С того времени отделениями управляли магистры, а к титулу главы братства добавилось слово «великий».
Весной 1187 года огромное войско Саладина двинулось на Иерусалим. Небольшой отряд иоаннитов встретился с мусульманами недалеко от Назарета: в недолгом кровопролитном бою погибли почти все рыцари ордена, в том числе великий магистр Рожер де Мулен. Немногие оставшиеся в живых были взяты в плен и обращены в рабство. В следующем сражении крестоносцы вновь потерпели поражение, но с пленными на сей раз поступили милостиво. Саладин приказал казнить только тех, кто представлял рыцарские ордена, – госпитальеров и тамплиеров, которые объединились в борьбе с «неверными», забыв о давней вражде. В этой кампании франки проиграли все битвы и в итоге потеряли Иерусалим.
Выгодно отличаясь от воинства Христова, арабы не устроили резню и даже отпустили христиан, хотя и за большой выкуп. Около 3 тысяч бедняков получили свободу бесплатно, а остальным все же пришлось стать рабами. Среди них оказались и рыцари: магистры пожалели денег для своих братьев, несмотря на то что орденская казна от войны нисколько не пострадала. В захваченном городе остались 10 иоаннитов, взявших на себя уход за лежачими пациентами госпиталя.
Иерусалим был объявлен центром королевства после Первого крестового похода. В конце третьей священной войны он опять вернулся к мусульманам, а франки сделали столицей своего государства крепость Акру. С захватом святого города для членов ордена Святого Иоанна Иерусалимского начался долгий период странствий.