Вспыхнула кровавая война, которая велась с переменным успехом при вмешательстве внешних сил, в том числе господарей Валахии и Молдовы. В 1541 г. султан захватил Буду и центральную часть Венгрии, тем самым окончательно разделив страну. Габсбурги утвердились в западной и северной частях королевства, а также, ссылаясь на право наследников венгерской короны, предприняли попытку захвата Трансильвании, которая находилась в их руках в 1551 — 1556 гг. Однако эта провинция в конце концов сумела, подобно Валахии и Молдове, отстоять свой статус автономного княжества.
Увеличив почти в два раза свою территорию по сравнению с эпохой воеводства, Трансильвания оказалась в лучшем положении, чем Венгрия. Здесь сложилась система «трех политических наций» и «четырех признанных религий». Три «нации» составили венгерская знать, саксы и секеи, сохранявшие до XVI в. свою принадлежность к католицизму. На протяжении XVI столетия, однако, в Трансильвании произошли существенные изменения в соотношении вероисповеданий: саксы в массовом порядке стали переходить в лютеранство, значительная часть венгров приняла кальвинизм, униатство или антитринитаризм, а большая часть секеев сохранила католическую веру. Таким образом, большинство представителей привилегированных сословий Трансильвании стали протестантами, а общие собрания периода 1550—1570 гг. официально признали новые вероисповедания. Сохранив формально свой статус, католицизм оказался религией, полностью подчиненной протестантским государственным порядкам, оставшейся без прежней иерархии, владений и ограниченной в свободе деятельности.
Румыны и православные по-прежнему оставались вне законодательных рамок, пользуясь лишь определенной степенью веротерпимости в силу своей общественной полезности, «пока с этим согласны граждане» (usque ad beneplacitum regnicolarum). В таких условиях у трех «наций» и у румын заметно усилились национальные особенности. «Нацию» знати все чаще стали назвать «венгерской»; она частично присвоила себе права наследника венгерской политической традиции. Ее представители проживали на собственных территориях (графская земля, также названная «венгерской»), имели особое вероисповедание (кальвинизм), названное «клужским» или «венгерским».