Во все времена независимо от обстоятельств госпиталь являлся основным элементом деятельности ордена, недаром полностью гроссмейстер именовался титулом «слуга нищих Христа и настоятель госпиталя Иерусалима». Посещая больницу в определенные дни, руководитель братства проходил через палаты, разговаривал с больными, по старинному обычаю раздавал пищу из своих рук.
Великого магистра обычно сопровождали эконом и глава французского языка. В обязанности последних входил ежедневный обход; эконом не только проверял служащих, ведь врачи и санитары должны были всегда быть на местах, но и отвечал за своевременность подачи еды, чистоту постельного белья, надлежащий уход за больными. Духовные нужды страждущих удовлетворялись с помощью проповедей священника.
Соответствующую должность занимал человек, которому полагалось контролировать соблюдение диеты, а также следить за тем, чтобы пациенты принимали только назначенные медиками лекарства. Делопроизводством в госпитале занимался немалый штат клерков. Кроме того, специально обученный человек пробовал на вкус вновь поступавшие вина, и, если они оказывались плохими, с поставщика требовали другую партию. Обслуживающему персоналу жалованье выдавали деньгами и основными продуктами питания: мукой, пшеницей, солью.
Благодаря аккуратному ведению бухгалтерии потомки смогли составить мнение о состоянии главной больницы Мальты в разные времена. Так, к 1737 году здесь имелось 563 койки, хотя в особых случаях их число увеличивалось до 914. Не слишком опасные инфекционные больные и страдавшие острыми недугами лежали по одну сторону Большой палаты, а хроническими – по другую. В последние годы столетия наземные постройки были дополнены небольшими палатами. Своеобразные боксы занимали монахи и пациенты с заразными заболеваниями, например туберкулезом или дизентерией. Специальные пристройки, или фаланги, предназначались для наблюдения за венерическими больными.