Первые 5 лет каждый рыцарь жил в общежитии (оберже), ежедневно съедая вместе с братьями положенные 400 г мяса, 6 хлебцев и запивая скудную трапезу кружкой вина. В праздник надоевшее мясо заменялось рыбой и яйцами. Орденское одеяние почти не изменилось со времен Жерара де Торна: мальтийские кавалеры носили красный супервест, черный орденский плащ и красивые доспехи под названием «кираса рыцаря».
Известные своим вздорным нравом братья нередко ссорились между собой. Для разрешения внутренних конфликтов в ордене имелся собственный суд, работавший на основе выборных коллегий различного уровня. Вначале спорный вопрос решался 7 простыми рыцарями, составлявшими эгар (от франц. egard – «внимание»). Незаконченное дело передавалось в усиленный эгар, где заседали 14 судей. Если вердикт вновь не устраивал истца или ответчика, состав суда увеличивался втрое. Рыцари не казнили своих братьев и не желали, чтобы преступник томился за решеткой. Самым строгим наказанием было исключение из ордена, о чем мог объявить лишь эгар бальи, но его решение считалось окончательным. Разжалованный госпитальер снимал форму, отдавал кресты и, склонив голову, публично признавал вину. Каждый изгнанник имел право вернуться, о чем нужно было попросить собрание, куда грешник являлся с веревкой на шее, в платье мирянина, а иногда и в рубахе, надетой на голое тело. Вслед за покаянной речью следовало повторное, чаще положительное посвящение, которое непременно сопровождалось фразой: «Прими во второй раз ярмо Господа нашего, ярмо, носимое легко и радостно, да поможет оно спасению твоей души!».
Давая обеты, рыцарь отказывался от собственного «я», соглашаясь стать «одним из многих», сильным, но незаметным среди других элементом мощной военной организации. От него требовалось беспрекословное подчинение даже в тех случаях, когда от личной инициативы зависели жизнь и существование ордена.