Теперь наверший нет, поскольку священники сняли их тотчас после первого налета немецкой авиации, когда опасности подверглись не только детали, но и все здание.
Сегодняшний облик храм обрел через много лет после строительства. Пользуясь рисунками и помощью итальянских мастеров, жители сами украсили священный дом, покрыв узорами гладкие каменные стены. От посетителей главного храма Мальты, как, впрочем, и любого католического собора, требуется определенный внешний вид. Недопустимы, например, голые ноги и обнаженные плечи, хотя женщинам разрешаются брюки, непокрытая голова и блузки с короткими рукавами. Местным эти правила знакомы, а туристки могут сменить шорты на юбки, выдаваемые служителями на входе. Будучи истинными мальтийцами, священники взяли на себя заботу о гостях, предоставляя каждому из входящих экскурсовода, причем совершенно бесплатно.
В пышном убранстве собора выразилась не индивидуальность зодчего, а общие черты характера кавалеров из разных языков. Украшая свои приделы, выделенные капитулом в 1604 году, они явно соревновались в богатстве. Произведения искусства собирались по всей Европе и были настолько совершенными, что удовлетворяли самый взыскательный вкус. Однако наибольшей ценностью являются мастерски исполненные скульптуры, украшающие надгробия великих магистров. В кафедральном соборе Святого Иоанна покоятся все главы ордена, исключая предателя Гомпеша, сдавшего Валлетту французам.
Центральный зал храма окружают приделы – капеллы, или часовни, распределенные между нациями по старшинству. Каждый из них посвящен святому, признанному покровителем данного языка. Небольшие комнаты, предназначенные для уединенных молитв и хранения реликвий, принадлежат братьям из Прованса, Оверни, Франции, Италии, Арагона с Каталонией и Наваррой, Англии, Германии, Кастилии, Леона и Португалии. Ближняя к алтарю издавна именуется капеллой мадонны Филермо.