В старину здесь хранилась одна из реликвий ордена, вывезенная с Родоса древняя византийская икона. На самом деле никто не знает, откуда у госпитальеров появился столь древний образ, но почитался он наравне с рукой святого Предтечи. Предания гласят, что живописная Мадонна спасла многих мальтийцев от чумы во время страшной эпидемии 1592 года. Утраченная после ухода рыцарей, эта икона уступила место другой, чуть менее ценной, но тоже изображающей Деву Марию. Раньше она принадлежала итальянскому языку и была подарена мальтийскому отделению ордена родственниками Грегуара Карафы.
Часовню мадонны Филермо отличает богатое убранство: украшения из золота и серебра являются прекрасной оправой для священных реликвий. Большие серебряные ворота таят в себе немало легенд, и одна из них связана с наполеоновскими временами. Как известно, французы настолько активно занялись грабежом храмов, что не заметили, как однажды их опередили местные. Мальтийцы, конечно, не собирались осквернять свою церковь, а всего лишь постарались защитить ее сокровища. Узнав о предстоящем рейде, они пришли прежде солдат и успели за ночь выкрасить драгоценные створки черной краской, отчего те стали выглядеть как чугунные.
В часовне Арагона находится самый эффектный памятник собора – надгробие великого магистра Никола Котонера. Исполненная скульптором Доменико Гвиди в Риме, композиция была переправлена на Мальту. Мраморный постамент с бюстом гроссмейстера опирается на фигуры двух полуобнаженных мужчин, выполненные из белого мрамора в полный рост. Атланты сгибаются под тяжестью пушек, оружия и военных трофеев. За головой главного героя возвышается пирамида, по обе стороны которой изображены парящие ангелы, причем один из них держит в руках герб рода Котонер.
Левая фигура привлекает внимание необычным для этой местности видом. Ваятель изобразил мускулистого человека с гладко выбритой головой и длинным чубом.