Полотно «Святой Матфей и ангел» было отвергнуто заказчиками, которых покоробил плебейский вид апостола. Позже знатоки по достоинству оценили умение мастера находить соотношение между патетикой и вызывающим натурализмом в деталях.
Гармония, казалось, несовместимых элементов составляет одну из характеристик оригинального стиля Караваджо. Столь же стройное сочетание присутствует в скорбной алтарной композиции «Положение во гроб». Нарочито грубый простонародный облик героев здесь подчеркивает глубину драматического пафоса. Воспроизведенную Караваджо сцену смерти Марии в одноименной картине также отвергли святые отцы, зато по представлению Рубенса купил герцог Мантуи.
Высокая патетика и потрясающая живописная энергия отличают последние работы живописца. Композиция «Усекновение главы Иоанна Крестителя» была написана в 1608 году для кафедрального собора Валлетты, где и находится по сей день. В палитре созданной следом картины «Погребение Святой Лючии» господствуют темные тона, возникшие под влиянием столь же мрачных ощущений художника. Почти все пространство полотна занимает группа людей, собравшихся у каменной стены, чтобы совершить скорбный ритуал – предать земле тело замученной женщины, которую впоследствии объявят святой. К сожалению, полотно сохранилось плохо, но неповторимый почерк великого итальянца прослеживается довольно четко.
Караваджо редко обращался к портретному жанру, хотя персонажи его картин всегда исполнялись с натуры и представляли собой индивидуальные, глубоко продуманные образы. Одним из немногих произведений этого жанра стало изображение гроссмейстера Алофа де Виньякура в полном рыцарском облачении. Вопреки ожиданиям, художник представил главу Мальтийского ордена не мудрым правителем, а самодовольным, жестоким человеком, отвернувшим от зрителя сытое, не освященное разумом лицо.