Из уважения к заслугам Эль-Калабрезе, как называли художника служители, епископ согласился отступить от правил и похоронить его в храме, слева от главного входа. Сегодня в музее изящных искусств Валлетты работает постоянная выставка работ Маттио Прети, среди которых особенно выделяется картина «Мученичество святой Екатерины».
Орден госпитальеров составляли 8 языков, символично отраженных в окончаниях мальтийского креста. Такая же аналогия прослеживается в количестве капелл кафедрального собора. В каждой из них постоянно горит лампада, озаряющая большую картину и памятник одному или нескольким великим магистрам, происходившим из данного языка.
В настоящее время собор хранит в себе могилы 356 рыцарей. Гробницы прославленных членов ордена находятся под плитами из цветного мрамора. Подобно потолку, пол собора имеет как историческую, так и художественную ценность. В этом месте его сплошь покрывают мозаичные картины с изображением похоронных процессий, морских битв, кипарисов над могилами, тюрем, где при жизни томились покойные, черепов, резвящихся амуров и ангелов, держащих в руках лавровые венки. Над каждым надгробием помещен рыцарский герб с восьмиконечным крестом и девиз, выписанный красивыми золотыми буквами.
Запертая огромным замком чугунная решетка преграждает путь в склеп, где покоятся 26 из 28 глав Мальтийского ордена. Двое из них – Дидье де Сен-Жайль и Фердинанд фон Гомпеш – скончались за пределами Мальты. Однако последний из-за предательства не нашел бы покой рядом с достойными предшественниками, даже если бы умер на родине. В то же время честь быть похороненным в соборе заслужил простой рыцарь Оливер Старки, единственный находящийся здесь нетитулованный покойник. Право расположиться после смерти среди великих магистров ему предоставил совет ордена, оценивший храбрость секретаря ла Валлетта во время Великой осады.
Могилы гроссмейстеров по средневековой традиции находятся в крипте, занимающей подвальное помещение с низким сводчатым потолком. Одно из многих установленных в ней скульптурных надгробий воспроизводит облик легендарного де ла Валлетта.