Никакого инакомыслия не допускалось, поскольку разброд мог привести к тому, что военная мощь обернулась бы против Рима. В 1581 году орденом одновременно управляли два великих магистра – избранный по уставу ла Кассиер и предводитель бунтовщиков Мартин Леку де Ромегас. Для разрешения спора оба они были вызваны в Рим. Папа принял сторону законного главы, но тот скончался, не успев воспользоваться победой. Обстоятельства его смерти остались загадкой истории, хотя уход гроссмейстера в мир иной многим показался странным. Не менее таинственная кончина ожидала и узурпатора: Ромегас умер в папских покоях также от неизвестной хвори. Освободившись от спорщиков, Григорий XIII отменил выборы великого магистра, объявил главой ордена своего представителя и повелел, чтобы подобные назначения стали обязательными на вечные времена. Обескураженных кавалеров в очередной раз лишили привилегий, в частности отныне запрещалось выбирать епископа и приора кафедрального собора из числа братии. Именно тогда в Валлетте появилась новая должность – великий инквизитор. Назначаемый папой, он имел большую власть и постоянно жил на острове, располагая новой, просторной резиденцией, где, помимо удобных комнат, имелись темницы и камеры пыток. Сегодня в резиденции великого инквизитора располагается Этнологический музей.
В одной части дворца представлены обычные для средневекового быта вещи, подобные крестьянским инструментам и церковной утвари. Прямо противоположное впечатление производят помещения другой части здания, где находятся зал суда, покои хозяина дворца и казематы, когда-то наводившие ужас на добропорядочных жителей Мальты.
Еще больший страх островитяне испытывали при виде небольшого здания на входе в Мдину, где ныне располагается Музей пыток. Все местные путеводители рекомендуют «посетить мдинскую темницу, дабы познать драматизм и таинственность давно ушедших дней, познакомиться с историей древних римлян и арабов, встретиться с рыцарями или даже Наполеоном».