Пригласив на остров иезуитов, он обрел умных, зато беспринципных, лицемерных и жестоких союзников, успевших отличиться в недобрых делах. В течение 200-летней истории Мальтийского ордена за порядком в душах госпитальеров следили 63 великих инквизитора. Ни один из множества духовных наставников не остался без отрицательного внимания со стороны гроссмейстера или его приближенных: отношения колебались от легкой неприязни до открытых схваток. Удивляет легкость, с которой воинственная братия вступала в конфликты с теми, кому предназначались высшие посты в католической церкви. Все пребывавшие на острове инквизиторы получили сан епископа, 25 из них стали кардиналами, а двое надели папскую тиару. Достигнув вершины духовной власти, они могли бы содействовать ордену, но в большинстве своем не делали этого, видимо вспоминая о распрях, слишком часто возникавших в ходе сотрудничества иоаннитов и представителей Римской курии.
Дом правительства Мальты, иначе называемый дворцом великих магистров, был построен по проекту Джероламо Кассара в 1574 году и до сих пор находится в центре города, на площади Республики. Сложенный из песчаника, он имеет классически скромный вид, как положено зданию, где вершится большая политика. Массивный двухэтажный фасад здания лишен модных в пору барокко завитков и скульптурных амуров. Два арочных прохода ведут во внутренние дворики, каждый из которых имеет собственное название. Божественное имя первому невольно дал Нептун, запечатленный в бронзовой статуе, почти скрытой ветвями вековых деревьев. Второй дворик возник после перестройки 1801 года, когда островом управлял британский генерал-губернатор. Избрав старое здание в качестве резиденции, он распорядился дополнить его боковым крылом. Таким образом образовалось еще одно внутреннее пространство, позже получившее название в честь Альфреда, принца Эдинбургского, посетившего Мальту полвека спустя.