Французам удалось без крови захватить орденские корабли и большое количество боеприпасов. Уже на следующий день архипелаг был причислен к владениям Французской республики, а гроссмейстер получил командорство в Германии и ежегодную ренту в 300 тысяч франков. Наполеон разрешил рыцарям вернуться на родину, причем каждому их них была обещана пенсия в 700 франков.
Спешно покидая остров, Гомпеш успел прихватить из собора самые ценные христианские святыни: кусок дерева от креста, на котором был распят Иисус Христос, руку Иоанна Крестителя и чудотворную икону Богоматери Палермо. Прибыв в Триест, он разослал депеши, оповестив великих приоров о случившемся, и, конечно, умолчал о подробностях. Тем не менее реакция зарубежных рыцарей последовала немедленно и была бескомпромиссной: изменника лишили звания великого магистра, а столп немецкого языка потребовал подвергнуть его рыцарскому суду. Светские монархи, словно сговорившись, изгнали мальтийских дипломатов из своих столиц.
Во многих странах имущество Мальтийского ордена было конфисковано, а с фасадов исчезла орденская символика.
Осенью того же года иоанниты лишились всех владений во Франции и других европейских государствах. Однако это событие не обернулось трагедией, поскольку на помощь ордену пришел император Павел. К тому времени уже давно существовало и активно действовало полуофициальное русское приорство, возглавляемое графом Джулио Литта и папским нунцием Лоренцо Литта. Братья жили в роскошных апартаментах предоставленного им Воронцовского дворца, слушали мессу в стоящей рядом капелле Иоанна Крестителя и были готовы принять у себя оставшихся воинов Христа. Рыцари не замедлили воспользоваться приглашением Павла, тем более что их права в России подтверждал разработанный лично императором манифест «Об установлении в пользу российского дворянства ордена Святого Иоанна Иерусалимского».