Первым тяжелым ударом, который потерпел протестантизм в Литве, была смерть Николая Черного Радзивилла, последовавшая в 1565 году; во главе рода Радзивиллов и во главе протестантизма стал двоюродный брат покойного, Николай Рыжий Радзивилл, но этот уже не имел такого значения. Вторым бедствием для протестантизма было внутреннее разъединение вследствие усиления ариан или социниан. Между тем папа Пий V, слыша об усилении протестантизма в Польше и Литве, отправил ко двору Сигизмунда-Августа посла своего Коммендоне. Последний нашел дела католицизма в Польше и Литве в жалком состоянии: во время борьбы с таким опасным врагом, как протестантизм, между епископами католическими господствовала вражда, зависть; двое главных епископов, Яков Уханский, архиепископ гнезненский, и Филипп Падневскнй, епископ краковский, находились в открытой вражде друг с другом, притом Уханский оказывал явную склонность к протестантизму в надежде, что при торжестве последнего, при разрыве с Римом, но при сохранении иерархии он, как архиепископ, будет независимым главою польского духовенства. Коммендоне, выведавши состояние дел, характеры и отношения короля и главных действующих лиц, начал в тихих беседах внушать Сигизмунду-Августу, как он жалеет об его судьбе и судьбе целого государства, потому что когда разноверцы возьмут верх, то в буйстве своем не пощадят ничего, ниспровергнут все учреждения, божеские и человеческие, все права и обычаи, потрясут, наконец, и самый трон; приводил ему пример современной Франции и Германии, обуреваемых религиозными войнами вследствие того, что государи в самом начале не подавили еретических учений. Король, который всего более боялся междоусобных войн, принял к сердцу внушения Коммендоне и охладел к протестантизму; этому охлаждению способствовало и поведение протестантов, которые, желая приобрести расположение шляхты, противились королевским требованиям насчет больших поборов, необходимых для успешного ведения войны с Москвою.