В том же году бурмистры, радцы и мещане виленские греческого закона выпросили у митрополита грамоту, по которой виленское духовенство отдавалось в их управу и, если б кто-нибудь из священников не захотел их слушаться, того они могли отставлять от церкви и замещать другим с позволения митрополичьего. Протопоп и все священники подали жалобу королю на такой поступок митрополита. Король в 1542 году писал к митрополиту: «Очень удивило нас то, что мещане виленские мимо нас обратились с таким делом к тебе и выхлопотали такие неприличные грамоты, по которым присвоили в свою мещанскую управу наше господарское владение, что им никак не следует; не следовало и тебе священников, богомольцев наших, записывать своими грамотами кому-нибудь во владение; нельзя церквей божиих нашего стольного города брать из-под нашей господарской управы и отдавать в управление подданным: этого никогда при предках наших не бывало. Мы велели эту твою грамоту взять в нашу канцелярию и приказываем: если у какой-нибудь церкви умрет священник, то бурмистр или кто-нибудь из добрых людей вместе с твоим наместником, протопопом виленским, идут в эту церковь, переписывают в ней церковное имущество и запечатывают ее, а ключи церковные отдаются в соборную церковь Богородицы. Потом, выбравши доброго и ученого человека, они дают тебе знать, и ты, увидавши его годность, ставишь его в священники и приказываешь отдать ему ту церковь со всем ее имуществом». К мещанам король писал, чтоб они не смели управлять священниками под страхом пени в 1000 коп грошей и вперед подобных грамот у митрополита не брали: грамоты эти не имеют никакой силы; ибо митрополит имеет власть над духовенством только в делах духовных, а в других делах не может ни к чему их приневоливать. Но этим дело не кончилось: священники не переставали жаловаться королю на мещан, а мещане-на священников; тогда король в 1544 году, признавши, что имеет право чинить постановление божиим церквам, дал им уставную грамоту, в которой определил способ избрания священников, дьяконов и причетников: когда священник тяжело занеможет, то протопоп дает знать об этом бурмистру греческого закона; бурмистр идет сам или посылает двух радцев и писаря, которые и переписывают все церковные вещи, вместе с протопопом и священниками; когда же священник умрет, то бурмистр запирает церковь и держит у себя ключи до тех пор, пока будет поставлен новый священник; выбирают священника, дьякона, уставника и пономаря бурмистры и радцы с протопопом и двумя священниками.