Епископы получили право суда над клириками и вмешивались в муниципальные дела, поскольку нередко избирались на пост defensor cwitaiis.
Испанская церковь пользовалась независимостью в вопросах внутреннего управления. Однако она признавала первенство римского епископа (папы), роль которого постепенно возрастала, поскольку папам оказывали поддержку императоры. Валентиниан III, например, отдал распоряжение ничего не предпринимать в церковных делах без одобрения римской церкви.

Ереси. На соборах, особенно вселенских, на которых собирались епископы почти всего христианского мира, устанавливались общие принципы вероисповедания и организации церкви. По различным причинам некоторые клирики, в том числе даже епископы, отклонялись от этого принятого соборами учения, которое благодаря авторитету папы распространялось на все христианские общины. Такие разногласия назывались ересями. В Испании наибольшую известность приобрели ересь присциллиан и ересь либелла-тиков.
Ересь либеллатиков возникла после жестоких гонений, которым подверглись христиане. Чтобы избавиться от преследований, некоторые христиане находили возможным скрыть свое вероисповедание и объявить себя приверженцами языческого культа. В подтверждение своего отступничества они получали от римских властей особые грамоты (libellum). В защиту такой системы выступали некоторые испанские епископы, в частности Базилид из Асторги и Марциал из Мёриды. Их противники, обвиняя либеллатиков в трусости и двоедушии, добились победы: Базилид и Марциал были смещены, а учение их предано анафеме.
Ересь Присциллиана была гораздо серьезней и продолжалась более трех веков. Присциллиан, галисиец родом, был очень привязан к местным религиозным верованиям кельтского происхождения. Главным образом под их влиянием он начал проповедовать учение, сильно отличавшееся от доктрины, принятой соборами и папами. Присциллиан отрицал воплощение Христа и отвергал Ветхий завет.