Были изданы специальные законы, которые сурово карали «грабежи, совершаемые рыцарями, влиятельными людьми или их домочадцами и лицами, которые проживают совместно с ними». В предвидении различных уловок со стороны подобных персон король и королева распорядились, чтобы в случае, «если преступники будут таковы, что суд не справится с ними, расследование должно передаваться короне». Они отменили также право убежища или укрывательства преступников или должников в крепостях, замках, в жилищах или владениях сеньоров или аббатов, «хотя бы [укрыватели этих лиц] и утверждали, что имеют это право по привилегии или по обычаю». Нарушитель карался уплатой причитающегося с беглеца долга или тем же наказанием, которому подлежал укрытый им преступник. Лжесвидетельство каралось, в соответствии с «Фуэро Хузго», применением системы тальона (talion)2. Во избежание дурных последствий было запрещено применение огнестрельного оружия и арбалетов (разрешалось применение этих видов оружия лишь при защите дома, на который совершалось нападение), суровые наказания налагались за азартные игры, и, наконец, были отменены поединки.
В Арагоне существовали королевская аудиенсия—трибунал, в котором король должен был председательствовать дважды в неделю, и сложная иерархическая система судебных должностей. Фердинанд назначил во все города прокурадоров-фискалов и создал должности судебных заседателей (asesores) при особе хустисьи. В Наварре, после ее присоединения, была учреждена особая аудиенсия.
Но осуществление мероприятий по организации судопроизводства сопряжено было с серьезными затруднениями, которые вызывались конфликтами между гражданскими и церковными судьями и трибуналами. Вопросов этих касаются решения кортесов в Мадригале и Толедо. Так, согласно одному из таких решений, запрещалось мирянам (христианам, евреям или маврам) судиться в церковных судах и приносить в них присягу; другим решением было определено, что капелланы не могут подавать на мирян иски в церковный суд, поелику подобные дела подсудны ординарным судам.