Авильская хунта отправила письмо дону Хуану де Гранада, капитан-генералу Вальядолида, с требованием арестовать тех членов совета, которые виновны в происшедшем в Медине. Со своей стороны, кардинал, убедившись в серьезности положения и опасаясь еще более озлобить население, приказал распустить королевскую армию (29 августа) и сместил Фонсеку, вынужденного бежать из Вальядолида.
В то же время хунта в Авиле решила укрепить свое положение, заручившись поддержкой королевы Хуаны, о болезни которой уже говорилось, как мы видели, в ряде петиций городов. Падилья из Медины, куда он прибыл после пожара вместе с другими военачальниками, направился в Тордесильяс, резиденцию Хуаны, с которой имел свидание 29 августа. Следует отметить, что перед этим в Тордесильяс приезжал кардинал с целью склонить королеву подписать указы, осуждающие движение комунерос, но королева отказалась. Во время свидания с королевой Падилья и другие военачальники вели себя в высшей степени почтительно. Со своей стороны королева оказала им благосклонный прием. На вопрос Падильи, желает ли она, чтобы они оставались на ее службе, она ответила согласием и просила их быть советниками в деле наказания виновных. После свидания с королевой войска оставили Тордесильяс и двинулись к Велилье. Это доказывает, что в намерения комунерос не входил арест королевы.
Получив сведения о положении в Испании, король принял ответные меры. В управлении страной кардиналу должны были помогать коннетабль и адмирал; сбор средств на субсидию, утвержденную кортесами в Корунье, был приостановлен; королевские налоги было велено взимать по раскладке, как во времена католических королей; на все государственные должности было велено назначать испанцев, однако право помилования и окончательного приговора оставалось за королем; предписывалось принять эффективные меры к прекращению вывоза звонкой монеты; предписывалось навести порядок в судопроизводстве и строго наказывать за вмешательство церковной юрисдикции в королевскую, и, наконец, король обещал вернуться в Испанию гораздо быстрее, чем это предполагалось раньше.