Но так же как его отцу и другим его предшественникам, это отнюдь не мешало ему отличать интересы церкви от чисто политических интересов папы—одного из светских государей Италии; они неоднократно сталкивались с интересами испанцев, и, в частности, с захватническими планами Филиппа, как это было и во времена Карла. Другой причиной конфликта с папой являлся вопрос об управлении испанской церковью. Все это в значительной степени объясняет взаимоотношения Филиппа с новым папой (который с самого начала стал искать поддержки против испанцев у французского короля). Поэтому не случайно, что военная история царствования Филиппа открывается именно войной с папой Павлом IV. Ответственность за нее несут в равной мере оба государя. Папа обладал необузданным характером и легко поддавался самым низменным политическим страстям. Вместе с тем Филипп II, ревниво относившийся к своей власти в Испании и Италии и к божественному происхождению своего титула, не сделал ничего для предотвращения конфликта и не оградил папу от тех унижений, которые принесла ему война.
Павел IV начал с того, что отлучил Карла и Филиппа от церкви и объявил о лишении Филиппа неаполитанской короны. В своем отлучении он писал о нем: «Порождение беззакония, Филипп Австрийский, сын Карла, именующего себя императором. Выдавая себя за короля Испании, Филипп во всем продолжает дело своего отца, соревнуется с ним в бесчестии и даже старается превзойти его», и дальше называл его клятвопреступником, мятежником и раскольником. Филипп, находившийся в то время во Фландрии, немедленно запретил ввоз папских булл в Испанию под страхом наказания. Карл из своего убежища в Юсте поощрял Филиппа к этим мерам.
Папа обратился за помощью к французскому королю Генриху II и к турецкому султану. РТмператор Карл сумел на некоторое время удержать Генриха II от союза с папой (февраль 1556 г.), подписав с ним перемирие в Воселле. Но вскоре Генрих нарушил его, получив новое приглашение со стороны папы. Разразилась война, которая закончилась очень быстро.