Была сделана попытка заключить с ним соглашение, но переговоры ни к чему не привели, и приор бежал во Францию. С помощью французов его сторонники сумели продержаться на Азорских островах вплоть до июля 1582 г. Только блестящая морская победа, одержанная маркизом де Санта Крусом у острова Сан Мигель над французским флотом, положила конец их сопротивлению.
Годом раньше, в апреле 1581 г., португальские кортесы, собранные в Томаре, торжественно признали Филиппа II королем Португалии. Значение этого нового приобретения было велико для Испании. С одной стороны, осуществилась мечта об объединении всего полуострова, лелеемая еще со времен католических королей, с другой стороны, испанские владения увеличивались не только на самом полуострове, но—и главным Образом—за счет обширных азиатских и американских (Бразилия) колоний, споры из-за которых порождали столько столкновений в эпоху Карла V.
При вторжении испанских войск в Португалию герцог Альба издал приказ о строжайшем наказании за малейшую недисциплинированность или насилие, допущенное по отношению к местному населению. Приходилось не раз прибегать к этому приказу для наказания солдат и офицеров, бесчинствовавших в Монтеморе, и для наказания виновных за грабежи вСетубале, Каскаэсе и предместьях Лиссабона, где были разграблены монастыри монахов—приверженцев приора, а также много частных домов. Король дал клятву на кортесах в Томаре, что он не допустит назначения испанцев на государственные должности в Португалии. Надо сказать, что король честно выполнил свою клятву; его поведение в Португалии решительно отличалось от того, каким оно было в Нидерландах.
Но даже при таком поведении король оказался бессильным против враждебности народа, не желавшего испанского владычества, веками воспитанного на ненависти к своему соседу и к тому же уязвленного в своих чувствах по отношению к приору де Крату. Среднее духовенство, также настроенное против Филиппа, призывало народ к восстанию.