Вскоре после разгрома афинян в Сицилии сиракузяне по настоянию Гермократа отправили в Эгеиду на помощь пелопоннесским союзникам сильную эскадру с тем, чтобы содействовать окончательному поражению афинян. Командовать эскадрой было поручено коллегии из трех, по-видимому, стратегов, однако практически руководство с самого начала было сосредоточено в руках самого авторитетного из них, который и был инициатором всего предприятия, — Гермократа.
Гермократ, вероятно, сам добивался этого назначения не только потому, что это давало ему возможность продолжать борьбу с афинянами, но и потому, что на родине, в Сиракузах, ввиду усиления радикально-демократической группировки во главе с Диоклом теперь сложились неблагоприятные условия для политической деятельности таких людей, как он.
С этих пор начинается новый период в военно-политической деятельности Гермократа. Под его руководством сиракузский флот принимает активное участие в морской войне у берегов Малой Азии и в проливах — при деблокаде пелопоннесцами Милета и взятии Иаса в 412 г., в битвах при Киноссеме и при Абидосе в 411 г., вплоть до неудачного сражения при Кизике в 410 г. (Xen. Hell., I, 1, 18). Возглавляя крупное воинское соединение, Гермократ авторитетно вмешивался в руководство войною, между прочим решительно противясь попыткам Тиссаферна сократить субсидии союзному флоту и разоблачая его двойную игру и интриги с Алкивиадом.
Находясь в течение долгого времени вдали от родины, ведя войну часто на свой страх и риск, Гермократ постепенно превращался в независимую политическую фигуру, подобно тому как это было с Алкивиадом и Лисандром. Весьма возможно, что и это тоже, а не одно только поражение и потеря кораблей под Кизиком, как обычно считают, было причиной смещения и изгнания Гермократа вместе с его товарищами по должности.