Сохранившееся здание — единый организм из трех сросшихся вместе построек. В центре — капелла Архангела Михаила. В ней были погребены основатели монастыря, и капелла стала фамильной усыпальницей династии Комнинов. Северная церковь, давшая название всему монастырю, посвящена Христу Вседержителю (Пантократору), южная (в ней сейчас мечеть) — Богоматери Элеуссе (Милостивой).

Все здания построены в разное время; у северной церкви один купол, у южной и у капеллы — по два, вышло очень хорошо и живописно. Особенно впечатляет вид с востока: семь апсид, украшенных кирпичными нишами, весьма величественны. Интерьеры всех трех церквей когда-то были сплошь покрыты мозаиками (а южная церковь была украшена мозаикой даже снаружи!), но от украшений осталось не так много. Мечеть открыта только на время молитв, но внутрь можно попасть, подозвав одного из мальчишек, которые как бы случайно крутятся неподалеку: они за небольшую мзду откроют дверь и даже попытаются вам что-то рассказать (это будут совершенно фантастические истории). Зато они знают, в каком именно месте из грубого дощатого настила вынимается доска: внизу обнаруживается мозаичный пол, где таинственные звери прячутся в сказочных зарослях.

Главной реликвией монастыря была одна из наиболее чтимых святынь империи, так называемый Камень омовения — мраморная плита, на которой, по преданию, омыли тело Христа перед погребением. Много было и других реликвий, да и просто бесценных произведений искусства. В 1204 году все было разграблено и вывезено в Венецию. В венецианском Сан-Марко до сих пор хранится драгоценная утварь из монастыря Пантократора и древние иконы, в том числе и драгоценная алтарная икона Сан-Марко — Пала-д’Оро.