Внутри многократно перестроенная церковь кажется сущим лабиринтом, но сориентироваться легко. Вход с запада. Чтобы попасть в неф (собственно храм), увенчанный куполом на высоком световом барабане, необходимо миновать два поперечных вестибюля-притвора: внешний (экзонартекс) и внутренний (нартекс). Наконец, с южной (правой) стороны к храму примыкает придел-пареклесий. В нефе и нартексах — мозаики, в пареклесии — фрески.

Всю эту красоту интереснее, конечно, рассматривать не как попало, а в той последовательности, как задумал мудрец Метохит. В кассе музея (да и в любой сувенирной лавке города) можно купить подробный альбом-путеводитель, в котором указано, где именно размещен тот или иной сюжет. Общий же принцип таков. Монастырь был посвящен Христу и Богоматери, и это двойное посвящение отражено в программе росписей. Над входом — Богоматерь Влахернская с ангелами. В экзонартексе — детство Христа: цикл начинается в северной ячейке («Сон Иосифа») и, обойдя по часовой стрелке весь эксонартекс, там же и заканчивается («Христос с Марией и Иосифом на Пасхе в Иерусалиме»). На сводах экзонартекса — чудеса Христовы, а над дверью, ведущей в нартекс, — Христос Вседержитель.

В куполах нартекса — медальоны с изображением Вседержителя и Марии с Младенцем, вокруг — предки Христа. На стенах, парусах и сводах — жизнь Богородицы (смотреть надо тоже по часовой стрелке, начиная с северной ячейки). Над входом в неф — сам Феодор Метохит в придворном одеянии и невероятном тюрбане склонился перед Христом с моделью храма в руках, слева и справа — апостолы Петр и Павел. Перед этой дверью Феодор, согласно его завещанию, был похоронен в 1332 году.