Он участвует в воскрешении мертвых и заставляет подниматься воду во время паводка, чтобы земля покрылась плодородным илом.
Сосуществование двух богов и двух триад в одном храме нашло отражение в его плане. Это единственный храм в Древнем Египте, который имеет два входа и два центральных святилища, расположенных на двух параллельных осях. В нем находились два следующих друг за другом гипостиля, его окружали две галереи. Эта двойственность не означала ни борьбы, ни противостояния – оба бога сосуществуют бок о бок, изображения одного божества присутствуют в части храма, посвященной другому. Оба бога – словно солнце и луна, словно два ока творца.
Перед храмом находится колодец (№ 1) и маммисий (№ 2), храм божественного рождения. В Ком-Омбо была хитроумная система колодцев и бассейнов. Возможно, в одном из них держали крокодилов, которых особо почитали в Омбо. Кроме того, в храмовых колодцах могли накапливать и фильтровать воду после нильского паводка.
К югу от большого двора, справа от храма, находится часовня богини Хатхор (№ 3). К северу от храма была отдельная часовня Себека.
От пилона (№ 4), служившего монументальными вратами храма, с одним входом для Себека и другим для Хора, осталось лишь несколько каменных блоков. На них можно увидеть триаду Себека, фараона, совершающего жертвоприношение и выходящего из дворца, за которым несут символы его божественной власти.
Центр большого двора (№ 5), некогда окруженного колоннадой, занят жертвенником: по обе стороны от него в каменных плитах пола сделаны углубления, куда стекала кровь жертвенных животных.
На фасаде первого гипостильного зала (№ 6) с двойным входом изображены сцены очищения фараона Хором и Тотом перед Себеком и Хароэрисом. Допущенный обоими покровителями Ком-Омбо, фараон проникал в этот зал (№ 7), попадая под покровительство двух божественных триад храма.