Основным центром почитания Тота был Шмун, или Эшмунен, а по-гречески Гермополь- от имени Гермес. Во время с Третьего переходного периода, когда Гермополь стал играть важную роль в египетской политике, культ Тота становился всё более популярным. Растущая популярность Тота привела к появлению новой интерпретации мифа о творении, основанного на принципах знания — Тот в образе ибиса снёс яйцо, из которого на свет появился Ра, или Хепри, или Атум, или Нефертум, в зависимости от места сложения мифа. Модификацией этого мифа стал миф о рождении Ра из Золотого яйца, снесённого гусём по имени Великий Гоготун.
Во время Второго переходного периода один из фараонов Шестнадцатой династии носил имя Джехути, то есть Тот. Имя Тота также входило в состав имён Тутмосов - четырёх могущественных правителей Восемнадцатой династии.
У древних греков мудрый Тот был отождествлён ими с Гермесом, которому ранее такие функции не приписывались. Результатом взаимного воздействия египетской и эллинистической культур стало возникновение мифологического образа Гермеса Триждывеличайшего, центральной фигуры античного герметизма и легендарного основателя алхимии элементов и стихий Вселенной. Тот почитался как покровитель не только жрецов, ученых и магов, но и представителей всех интеллектуальных профессий. Очень важное место отводилось Тоту в погребальном культе. В Книге Мертвых сказано, что умерший попадает туда, где есть только «глубь неизмеримая, что темнее самой темной ночи, и люди блуждают в ней без помощи». Умерший обращается к богу Тоту с просьбой: «Пусть положение духа будет дано мне вместо воды, воздуха, удовлетворения страстных любовных желаний и да будет мне спокойствие сердца вместо лепешек и пива».
Умерший, после череды испытаний и магических слов, предстает перед Тотом и просит заступиться за его новопреставленную душу перед богом. «Каким пребываешь ты здесь?» — спрашивает Тот. «Я очистился от зла, защищен от гибельных дел тех, кто живет в днях своих. Я не принадлежу к ним», — отвечает умерший.