Государство и церковь. Несмотря на религиозное рвение, благодаря которому Фердинанд и Изабелла (с большим основанием эта последняя) получили прозвище «католических королей»2, они всегда различали в отношениях между государством и церковью стороны духовную и светскую. Король и королева стремились обеспечить верховенство государства над церковью или по крайней мере сохранить для короны полную свободу действий. Эти тенденции проявились в первоначальном проекте учреждения инквизиции и в мерах, которые были приняты для пресечения злоупотреблений, чинимых духовенством, и актов узурпации и произвола со стороны клириков.
Церковь продолжала сохранять часть своих феодальных привилегий. Частной властью в пределах своих диоцезов и сеньорий обладали все аббаты, архиепископ Сантьяго, епископы Луго и Хероны и т. д. В округе Толедо церковь владела селениями и городами, имела свои войска, которыми командовали светские особы (сперва брат кардинала Меидосы, а затем племянник Сиснероса), и назначала двух окружных судей (аделантадо)—в Гранаду и Касорлу. Однако как Изабелла, так и Фердинанд стремились ограничить феодальные привилегии церкви, которые противоречили принципам их абсолютистской политики.
Короли желали сохранить за собой право замещения церковных должностей, которое освящено было древними обычаями страны. Поэтому, хотя и считалось, что назначение епископов является неотъемлемой привилегией пап, Фердинанд и Изабелла неизменно подчеркивали, что им принадлежит право намечать кандидатуры епископов. При этом они добивались, чтобы папы назначали на должности епископов только испанцев. Так, когда в 1482 г. папа Сикст IV назначил епископом Куэнки иностранца—кардинала Сан Джорджи, акт этот был признан прямым нарушением закона, утвержденного на кортесах в Мадригале. Фердинанд и Изабелла заявили папе протест, и когда последний не удовлетворил их требования, приказали всем испанским подданным покинуть Рим. При этом король и королева угрожали папе и иными мерами.