В результате вскоре было достигнуто соглашение, и папа предоставил королю и королеве право «ходатайствовать» в пользу тех кандидатур, которые они признают достойными, т. е. подтвердил привилегию, уже ранее присвоенную короне (о том, что подобной привилегией короли располагали до конфликта 1482 г., свидетельствует один закон, принятый на кортесах в Толедо в 1 80 г.).
Как правило, кандидатуры, выдвинутые королем и королевой, утверждались папой. Впрочем, в 1485 г. между Римом и Испанией снова возникли трения в связи с замещением вакантной епископской кафедры в Севилье, Но и на этот раз папа уступил требованиям королей.
Оставался открытым вопрос о праве пожалования бенефициев, которое папа удержал за собой по соглашению 1482 г. Короли пытались его присвоить косвенным путем, то захватывая доходы бенефициев, то добиваясь от папы права назначать тех или иных лиц на церковные ДОЛЖНОСТИ. Королям принадлежало право назначения священников в приходах горных местностей, как о том свидетельствуют решения кортесов в Толедо.
Наконец, папа пожаловал королю и королеве право патроната над всеми церквами гранадского королевства, а позднее—и над церквами Америки. Патронат над церковью в новооткрытых землях позволял короне руководить всей миссионерской деятельностью, которой придавалось большое значение, и основывать церкви, которые поддерживались и контролировались государством. Так, буллой от 16 ноября 1501 г. папа Александр VI отдал навечно церковную десятину в Индиях королям Испании, но с условием содержать все церкви, основанные на этой территории. Таким образом, экономическое положение американского духовенства и его взаимоотношения с гражданской властью были иными, чем у духовенства метрополии, где церковь имела свои собственные владения и особые доходные статьи.
Государство приобрело в колониях большее влияние на церковь, чем в Испании. Несмотря нз это, в связи с правом патроната нередко возникали конфликты между королями и папским престолом.