Подобный конфликт вызван был папской буллой от 15 ноября 1504 г., которой создавалось на Эспаньоле одно архиепископство и два ему подчиненных епископства, Фердинанд счел, что этот акт наносит ущерб его правам патрона. В инструкции, данной своему послу в Риме Франсиско де Рохас, он потребовал, чтобы последний довел до сведения папы, что «должности, каноникаты и бенефиции могут учреждаться в Индиях лишь с согласия короля, как патрона, и что в данном случае выбор кандидатов должен быть предоставлен севшгь-скому архиепископу, решение коего король утвердит».
Фердинанд обещал уступить на содержание церквей в заморских владениях десятину, право на сбор которой было ему предоставлено буллой 1501 г., но он отмечал при этом, что корона должна сохранить за собой «треть десятины» и все золото, серебро, металлы, красящее дерево, драгоценные камни и жемчуг, добываемые в Новом Свете.
Долгие переговоры с папой завершились соглашением, которым удовлетворены были требования короля.
В то же время следует отметить, что Фердинанд и Изабелла проявлял! заботу об охране интересов церкви и духовенства. Последнее через своих представителей при короле и особенно при королеве—их духовников оказывало влияние (и при этом возрастающее) на политику Фердинанда и Изабеллы, что проявилось в преследованиях, которым подверглись мор иски, в Гранаде и «иудействующие», в деле Колумба, в отмене прежних привилегий знати и т. д. Законы, принятые на кортесах в Толедо, решительно запрещают захваты доходных статей церкви, предписывая вернуть ей все, что незаконно было присвоено некоторыми сеньорами. Изабелла, в своем завещании поручая составить новый свод законов, указывает: «И если будут в этот свод помещены законы, нарушающие церковные вольности и привилегии, то следует их изъять, дабы они более не применялись».
Наконец, касаясь вопроса о всемирной политической власти пап, отстаиваемой столькими церковными писателями того времени, нельзя не отметить, что Фердинанд, когда это ему было выгодно, основывался в своих действиях на доктрине папской супрематии.