Кортес остался в столице в качестве губернатора. Для ознакомления со страной он отправил несколько экспедиций, в которых принимали участие местные чиновники-ацтеки, располагавшие картами.
Несколько месяцев спустя непредвиденное обстоятельство вынудило Кортеса покинуть Мехико. Когда экспедиция Кортеса уже готова была к отплытию, правитель Кубы Веласкес решил ее задержать. Но Кортес сделал вид, что не понял приказа и отбыл выполнять ранее полученное задание того же Веласкеса. Веласкес был очень уязвлен этим непослушанием. Его раздражение против Кортеса росло по мере того, как до него доходили сведения о блестящих успехах экспедиции.
Чтобы сместить и захватить Кортеса (в нарушение приказов вице-короля), Веласкес снарядил сильный отряд численностью в 800 человек под командой Панфило де Нарваэса. Узнав об этом, Кортес вышел навстречу своему противнику, и, неожиданно атаковав его около Семпоалы, полностью разгромил. Солдаты Нарваэса присоединились к войскам завоевателя.
Покончив со своим противником, Кортес немедленно вернулся в Мехико, где его присутствие было необходимо, так как там произошло народное восстание, вызванное беспричинным жестоким и ненужным убийством туземных вождей, справлявших свой праздник в большом храме (20 мая 1520 г.). Виновником убийства был помощник Кортеса—Альварадо. Атмосфера настолько сгустилась, что Кортес вынужден был заставить Монтесуму обратиться к своим бывшим подданным с обещанием удалить испанские войска из столицы при условии обеспечения им безопасного выхода. Но восставшие были разъярены трусостью императора и предводительствуемые вождем по имени Куитлахуак стали метать в императора стрелы и камни. Раненый Монтесума отказался от всякой медицинской помощи и, как утверждают некоторые историки, через три дня умер от ран (30 июня), хотя другие историки считают (и это нам кажется более убедительным), что он был умерщвлен испанцами вместе с другими знатными пленными.