Филипп стал королем Испании в 29 лет. Первым его политическим наставником был его собственный отец, который очень рано решил дополнить теоретическое обучение сына практическим опытом участия в политических делах. В письме к кардиналу Тавера (1 мая 1543 г.), регенту Испании, Карл повелевал ему проконсультироваться с Филиппом по поводу дел инквизиции «так, как он это делал ранее с ним самим». И действительно, в период пребывания Карла в Германии Филипп управлял страной совместно с кардиналом Тавера, секретарем Франсиско делос Кобосом и епископом Фернандо Вальдесом, бывшим тогда председателем королевского совета. Находясь в Германии, Карл счел нужным, как для реализации своих планов, так и для расширения политического опыта своего сына, отправить его в те страны, которые рано или поздно должны были попасть под его управление. Так, Филипп посетил Италию (1548 г.), Фландрию (1549 г.) и Германию (1550 г.). После того как рухнул план Карла о передаче императорской короны сыну, Филипп снова вернулся в Испанию (1551 г.) в качестве регента.
В 1543 г. Филипп женился на своей кузине—португальской принцессе Марии. Но этот брак продолжался недолго. Родив сына, дона Карлоса, Мария умерла. Вдовство Филиппа было использовано императором Карлом для новой политической комбинации. Он женил своего сына на английской королеве Марии, дочери Генриха VIII и испанской инфанты Екатерины. Общественное мнение в Англии было настроено против династического союза с Испанией. Кроме того, сильная протестантская партия, сложившаяся в Англии, неизбежно должна была стать противницей изменения политического курса, которое этот брак предполагал, хотя надо сказать, что Мария была ярой католичкой, весьма расположенной к исправлению того, что сделал ее отец1, и к крутым мерам в отношении протестантов. Филипп прожил некоторое время в Англии, стараясь завоевать симпатии своих подданных. В некоторой степени, ему, пожалуй, удалось добиться благосклонного отношения местной аристократии. В октябре 1554 г. английский парламент утвердил зависимость английской церкви от папы, и английская аристократия приняла присягу, стоя перед королевской четой на коленях.