Возможно, И. Самойлович считал невыгодным для судеб Украины действия антитурецкой коалиции в составе Австрии, Венеции, Ватикана, Польши и России. Ведь уничтожение Крымского ханства — вассала Османской империи, не могла не ускорить процесса поглощения украинских земель Россией,
Существенным обвинением в адрес И. Самойловича прозвучал упрек в отстаивании им казачьей государственности.
В принципе наиболее вероятным претендентом на пост гетмана считался В. Дунин-Борковский, но он отказался выплачивать фавориту царевны Софьи — князю В. Голицину подарок в сумме 10 тыс. рублей. Он предпочел одолжить их И. Мазепе, а последний потом передал В. Дунину-Борковскому несколько имений и до самой смерти его держал в должности генерального обозного.
Тот факт, что благодаря настойчивости И, Самойловича и И. Мазепы Киевская митрополия в 1685 году перешла под власть Московского патриархата, не спас И. Самойловича от опалы. Царские вельможи и старшина, добившись ссылки гетмана вместе с семьей, старшим сыном Яковом (другой сын, Григорий, был казнен) в Сибирь, широко распространили слухи о его корыстолюбии и непомерном обогащении, основываясь на описи конфискованного у И. Самойловича имущества. В составленном комиссией документе фигурировали более 335 килограммов серебряной посуды (у его двоих сыновей столового серебра оказалось 162 килограмма), пять карет, две коляски, усыпанные драгоценностями сед-ла, 75 бочек меда, 30 окороков, золотые украшения и т. д. Половину имущества И. Самойловича забрал новый гетман И. Мазепа. Избранием на казачьей раде в Коломаке 25 июля (4 августа) 1687 г. гетманом Левобережной Украины генерального эсаула Ивана Степановича Мазепы закончился драматический период в истории Украины, стержнем которого являлась революционная волна 1648—1676 годов.