Не удивительно, что 10 сентября 1941 года при массовом крестном ходе в Почаеве собралось не менее 15 тысяч верующих, восхваляя «батька-Гитлера», а некоторые даже целовали его портрет.
Для улучшения контроля над населением и некоторой стабилизации обстановки Э. Кох разрешил провести в Пинске 8—10 февраля 1942 года Собор по воссозданию Украинской автокефальной православной церкви во главе с митрополитом Луцким и Ковельским Поликарпом (Сикорским). Количество парафий УАПЦ быстро росло, особенно на Киевщине, Полтавщине и Харьковщине. Ее пастыри призывали украинцев уезжать на работу в Германию, организовывали сбор теплой одежды, обуви, металлолома, денежных средств в помощь Германии, а также украинским военнопленным. Только в Кривом Роге церковный комитет помощи пленным собрал за два года 157 тонн хлеба, 69 тонн муки, 22 тонн круп, 37 тонн овощей, ИЗО кг мяса и другие продукты. Для населения Германии и солдат вермахта в Украине было собрано только в январе 1942 года 273 446 шуб, полушубков, валенок, пальто, ватников и других теплых вещей.
Но объединение 1 октября 1942 года УАПЦ и Автономной церкви архиепископа А. Громадского (он признавал верховенство Московского патриархата) немцы не признали. А в начале 1943-го, после издания Э. Кохом приказа «О правовых отношениях религиозных организаций», немецкая администрация усилила вмешательство в церковные дела, тем более, что часть священников либо старалась остаться независимыми, либо помогала партизанам. Лишь в зоне Транснистрии православная церковь действовала практически беспрепятственно.
На остальной территории Украины оккупанты запретили преподавание Закона Божьего в начальных школах, посещение священниками концлагерей (ранее можно было доставлять сюда даже посылки весом до 6 кг), набор слушателей на краткосрочные пастырские курсы в Луцке, Полтаве, Днепропетровске, Харькове, Николаеве, Каменец-Подольске.