Филипп утверждал свой приоритет на основании того, что он был сыном младшей дочери Мануэля—императрицы Изабеллы. Против кандидатуры Филиппа говорил закон (известный под названием закона Ламегу), по которому иностранцы исключались из числа претендентов. Филипп возражал, утверждая, что испанский король не может считаться иностранцем в Португалии.
Главным соперником Филиппа был очень популярный в Португалии дон Антониу, пользовавшийся поддержкой населения, духовенства, части знати и, наконец, папы. Сам португальский король дон Энрике склонялся к кандидатуре герцогини Браганцской, пользовавшейся, по свидетельству испанского посла Моуры, поддержкой иезуитов. Однако Филипп не постеснялся обнародовать свою программу, полную обещаний и заявлений об уважении автономии Португалии. С помощью такой программы и интриг своих представителей он добился согласия большей части португальской знати, которая на кортесах, собранных в 1580 г. в Альмейрине, проголосовала за провозглашение Филиппа наследником. Духовенство также подало свой голос за Филиппа. Против него голосовали только представители народа. Вскоре, 31 января, как и ожидал Филипп, умер дон Энрике, не успев назначить себе преемника. Почва была расчищена. Филиппу, заручившемуся поддержкой иезуитов и самого генерала их ордена Меркурино, оставалось только действовать.
Присоединение Португалии, как и следовало ожидать, прошло не совсем гладко. Сторонники приора провозгласили его в Лиссабоне королем Португалии. Тогда Филипп, подготовлявший уже с 1579 г. войска, отправил против него тридцатитысячную армию под начальством герцога Альбы, который в короткий срок овладел главными крепостями Португалии и вошел в столицу. Попав в очень тяжелое положение, приор бежал сначала в Опорто, а потом, преследуемый генералом Санчо Давилой, в Виллану де Кастельо (в окрестностях которого он чуть было не попал в руки испанских солдат).
Скрываясь от преследований, приор скитался по всей стране в сопровождении небольшой группы людей, оставшихся ему верными.