Король вынужден был сместить многих духовных лиц, многих наказать, предварительно добившись от папы осуждения деятельности португальских монахов. Враждебное настроение населения страны вынудило Филиппа разместить гарнизоны в португальских городах и укрепить все стратегические пункты. Португальское дворянство, хотя отчасти и довольное уступками короля, вскоре также проявило свою неприязнь и недовольство невыполнением некоторых из -обещаний, данных агентами Филиппа в период до его избрания.
Причины войны с Англией. Со смертью королевы Марии, супруги Филиппа II, и восшествием на английский престол Елизаветы I возникли новые причины для разрыва отношений и войны. Одна причина, притом достаточно важная для Филиппа, заключалась в том, что Елизавета поддерживала в стране протестантскую религию. Однако надо сказать, что испанский король отнюдь не всегда подчинял свою внешнюю политику интересам религии и поэтому, несмотря на неоднократные просьбы английского и шотландского католического духовенства, медлил с разрывом в течение многих лет. Осторожность короля имела в своей основе разные причины: боязнь того, что разрыв с Англией будет наруку Франции, врагу Испании, и может ухудшить положение в Нидерландах; потребовались бы огромные расходы на войну с Англией; могли усложниться многие другие дела, занимавшие его на континенте. Значение всех этих причин сказалось особенно явно на той позиции, какой он в течение многих лет придерживался в борьбе Елизаветы I с Марией Стюарт. Однако, в конце концов, именно эта борьба привела Филиппа к потере необходимой осторожности.
Как известно, шотландская королева Мария Стюарт вынуждена была покинуть свои владения в результате восстания 1563 г. Бежав в Англию, она обратилась к французской королеве1, к католикам и к Филиппу II с призывом оказать ей поддержку для отвоевания своих владений. Но Мария запутала все дело своими планами свержения Елизаветы с английского престола с помощью многочисленных и могущественных английских католиков. Филипп предусмотрительно ничего не обещал, не желая порывать с Англией и тем самым помогать осуществлению планов Гизов, что в конечном счете привело бы к значительному усилению Франции.