Таким образом, сопротивление своекорыстной политике Директории вызвало дальнейшую конкретизацию идеи единой Италии и ее перенесение в плоскость политической борьбы. Директория, относившаяся крайне недоброжелательно к сторонникам итальянского единства, старалась осуществлять новые завоевания на Апеннинском полуострове таким образом, чтобы они не содействовали укреплению здесь республиканских режимов. После свержения великого герцогаТосканского власть на территории Тосканы стала осуществлять французская военная администрация, а утверждение республиканских порядков на Юге страны, в Неаполитанском королевстве, произошло вопреки воле Директории; поэтому французский командующий генерал Шампионне, разгромивший неаполитанские войска и с сочувствием отнесшийся к действиям неаполитанских республиканцев, после своего возвращения в Париж был арестован и отдан под суд.
Неаполитанская монархия пала под ударами французских войск вскоре после того, как она вновь, в конце 1798 г., примкнула к антифранцузской коалиции, заключив союз с Россией и Англией. Начав боевые действия, неаполитанские войска во главе с австрийским генералом Макком вступили на территорию Римской республики и даже заняли на несколько дней Рим, где устроили страшный погром. Вскоре, однако, французская армия под командованием Шампионне перешла в наступление и добилась решающих успехов. В конце декабря, примерно через месяц после начала войны, неаполитанский король Фердинанд IV, королева Мария Каролина и двор бежали на английском корабле в Сицилию. Тем временем французы, отбросив королевские войска, подошли к Неаполю. После трехдневных кровопролитных боев с яростно сопротивлявшимся городским плебсом-лаццарони, среди которых были очень сильны монархические чувства, французские войска овладели столицей. Еще во время штурма группа республиканцев, захватившая господствующий над городом замок Сант-Эльмо, провозгласила там 22 января Неаполитанскую (или, иначе, Партенопей-скую — по древнему названию Неаполя) республику.