В Трансильвании и Банате преследования и гонения не сломили православную церковь, которая сумела выдержать все испытания и даже укрепиться. Точное количество православных епархий остается неизвестным, однако мы знаем, что они имелись повсюду, от Кришаны до Хацега и от Баната до Марамуреша. Наиболее крупная находилась в области Хацега — Хунедоары, где возвышались построенные румынами в XII —XIII вв. каменные церкви в таких селениях, как Стрей, Денсуш, Стрейсындже-орджю, Остров, Гурасада и Сынтэмэрие-Орля. До 1600 г. только в области Хацега действовало около пятидесяти румынских православных церквей и монастырей. Центр другой епархии находился в Брашове, представлявшем собой крупный румынский культурный центр. Однако в стране, выступавшей с «апостольской миссией», какой была Венгрия, деятельность верховной православной иерархии наталкивалась на многочисленные препятствия со стороны властей. Румынские епископства и архиепископства Трансильвании смогли преодолеть некоторые из этих трудностей, получая поддержку от митрополий Валахии и Молдовы. Созданная в 1370 г. митрополия Северина оказывала покровительство всему Банату, ас 1401 г. арджешский митрополит Антим стал именоваться «экзархом всей Венгрии и окраин» (т. е. восточной части королевства, населенной в основном румынами). В 1376 г. отмечено пребывание архиепископа Геласия в трансильванском монастыре Рымец, а в 1391 г. православный монастырь, основанный представителями семьи Драгоша в Марамуре-ше, получил статус ставропигиального (напрямую подчиненного Константинопольской патриархии), а его настоятель стал епископом Марамуреша, Берега, Угони, Сэтмара, северной части Кришаны и Трансильвании. После Флорентийского собора 1439 г., на котором было принято решение об объединении усилий церквей перед серьезной османской угрозой, католики и православные стали действовать сообща во имя «христианства». На этом основании в течение нескольких десятилетий румынская церковь в Трансильвании рассматривалась властями как «объединенная» с римской.
К середине XV в., несмотря на прозелитизм некоторых инквизиторов, Иоанн де Каффа, противник провозглашенной во Флоренции унии церквей, рассматривал себя в качестве епископа всех православных Трансильвании.