В одной летописи говорится о возведении малолетнего Иоанна на престол таким образом: начали государя ставить на великое княжение в соборной церкви Пречистыя богородицы митрополит Даниил и весь причет церковный, князья, бояре и все православное христианство; благословил его митрополит крестом и сказал громким голосом:
«Бог благословляет тебя, государь, князь великий Иван Васильевич, владимирский, московский, новгородский, псковский, тверской, югорский, пермский, болгарский, смоленский и иных земель многих, царь и государь всея Руси! Добр здоров будь на великом княжении, на столе отца своего». Новому государю пропели многолетие, и пошли к нему князья и бояре, понесли дары многие; после этого отправили по всем городам детей боярских приводить к присяге жителей городских и сельских.
Умирающий Василий имел много причин беспокоиться о судьбе малолетнего сына: при малютке осталось двое дядей, которые хотя отказались от прав своих на старшинство, однако могли при первом удобном случае, отговорясь невольною присягою, возобновить старые притязания; эти притязания тем более были опасны, что вельможи, потомки князей, также толковали о старых правах своих и тяготились новым порядком вещей, введенным при Василии и отце его. «Вы бы, братья мои, князь Юрий и князь Андрей, стояли крепко в своем слове, на чем мы крест целовали», - говорил умирающий братьям; боярам он счел нужным напомнить о происхождении своем от Владимира киевского, напомнить, что он и сын его - прирожденные государи; Василий знал, что в случае усобицы и торжества братьев должны повториться те же явления, какие происходили при деде его, Василии Темном, что тогда малюткам - детям его нельзя ждать пощады от победителя; и вот он обращается к человеку, по близкому родству обязанному и по способностям могущему блюсти за сохранением семьи великокняжеской: «А ты бы, князь Михайло Глинский, за моего сына, великого князя Ивана, за мою великую княгиню Елену и за моего сына, князя Юрья, кровь свою пролил и тело свое на раздробление дал».