2 генваря 1570 года явился в Новгород передовой отряд царской дружины, которому велено было устроить крепкие заставы вокруг всего города, чтоб ни один человек не убежал; бояре и дети боярские из того же передового полка бросились на подгородные монастыри, запечатали монастырские казны; игуменов и монахов, числом более 500, взяли в Новгород и поставили на правеж до государева приезда; другие дети боярские собрали ото всех новгородских церквей священников и дьяконов и отдали их на соблюдение приставам, по десяти человек каждому приставу; их держали в железных оковах и каждый день с утра до вечера били на правеже, правили по 20 рублей; подцерковные и домовные палаты у всех приходских церквей и кладовые именитых людей были перепечатаны; гостей, приказных и торговых людей перехватали и отдали приставам, дома, имущества их были опечатаны, жен и детей держали под стражею. в числа приехал сам царь с сыном Иваном, со всем двором и с 1500 стрельцами, стал на торговой стороне, на Городище. На другой день вышло первое повеление: игуменов и монахов, которые стояли на правеже, бить на лками до смерти н трупы развозить по монастырям для погребения. На третий день, в воскресенье, Иоанн отправился в кремль к св. Софии к обедне; на Волховском мосту встретил его, по обычаю, владыка Пимен и хотел осенить крестом; но царь ко кресту не пошел и сказал архиепископу: «Ты, злочестивый, держишь в руке не крест животворящий, а оружие и этим оружием хочешь уязвить наше сердце: с своими единомышленниками, здешними горожанами, хочешь нашу отчину, этот великий богоспасаемый Новгород, предать иноплеменникам, литовскому королю Сигизмунду-Августу; с этих пор ты не пастырь и не учитель, но волк, хищник, губитель, изменник, нашей царской багрянице и венцу досадитель». Проговоривши это, царь велел Пимену идти с крестами в Софийский собор и служить обедню, у которой был сам со всеми своими, после обедни пошел к архиепископу в Столовую палату обедать, сел за стол, начал есть и вдруг дал знак своим князьям и боярам, по обычаю, страшным криком;