В 1563 году, говорит летопись, государь положил гнев свой на княгиню Евфросинию и на сына ее: прислал к царю в слободу служивший у князя Владимира Андреевича дьяк Савлук Иванов бумагу, в которой писал многие государские дела, что княгиня Евфросинья и сын ее многие неправды к царю чинят и для того держат его, Савлука, в оковах в тюрьме; царь велел Савлука к себе прислать, по его словам многие сыски были, неисправления их сысканы, и пред митрополитом и владыками царь княгине Евфросинье и сыну ее неправды их известил. После этого Евфросинья постриглась; у Владимира были переменены все бояре и слуги; мы видели, что и отец Иоанна употребил то же средство в отношении к одному из братьев своих. В 1566 году царь переменил брату удел: вместо Старицы и Вереи дал ему Дмитров и Звенигород. По одному иностранному известию, в 1568 году князь Владимир Андреевич замышлял поддаться Сигизмунду-Августу; в генваре 1569 он погиб.
Страшный огонь жег внутренность Иоанна, и для этого огня не было недостатка в пище: летом 1569 года явился к царю какой-то Петр, родом волынец, и донес, что новгородцы хотят предаться польскому королю, что у них уже написана и грамота об этом и положена в Софийском соборе за образом богоматери. Иоанн отправил в Новгород вместе с волынцем доверенного человека, который действительно отыскал грамоту за образом и привез к государю; подписи - архиепископа Пимена и других лучших граждан - оказались верными; говорят, что этот Петр, бродяга, наказанный новгородцами из желания отомстить им, сам сочинил грамоту и необыкновенно искусно подписался под руку архиепископа и других граждан. Иоанн решился разгромить Новгород. В декабре 1569 года он двинулся туда из Александровской слободы и начал разгром с границ тверских владений, с Клина; по всей дороге, от Клина до Новгорода, производились опустошения, особенно много пострадала Тверь.