Но распоряжения Макария остались недействительными, потому что через 13 лет преемник его, архиепископ Феодосий, должен был повторить те же самые увещания и распоряжения, указывая на те же самые беспорядки, с прибавкою одного нового: «В ваших же местах, - пишет Феодосий, - в Чудской земле замужние жены и вдовы головы бреют и покрывало на головах и одежду на плечах носят подобно мертвячьим одеждам, и в том их бесчинии великое поругание женскому полу».
Монастыри по-прежнему продолжают содействовать заселению пустынных пространств. Игумен Феодор построил пустыньку на лесу черном, диком между Вологодским, Каргопольским и Важским уездами; по его челобитью государь в 1546 году пожаловал, велел тот лес расчищать на все стороны от монастыря по двенадцати верст, займище распахивать и людей призывать; призванное народонаселение, по обычаю, получило известные льготы. Иногда монастырь основывался вследствие челобитья народонаселения целой страны; так, в 1580 году с Вятки, из города Хлынова, выборные судьи и все земские люди прислали к царю от всей земли челобитную, что вятские города от московских городов далеко, а монастыря во всей Вятской земле нет, престарелым и увечным людям постригаться негде, а иные при смерти постричься желают, и потому они хотят устроить у себя монастырь, в строители излюбили Пыскорского монастыря постриженника старца Трифона, а земля у них есть: наместничьи деревни стоят пустые, не пашет их никто.
Северные пустынные монастыри продолжали воспитывать в своих иноках твердость духа в борьбе против явлений нехристианских. В страшную эпоху кровавой борьбы и насилий торжествующего начала самый отдаленный на севере монастырь Соловецкий выслал в Москву в митрополиты своего игумена, который не усомнился поднять голос за милосердие: ряд знаменитых московских иерархов, столько содействовавших усилению Москвы, установлению единодержавия и признанных церковью святыми, заключился великим мучеником за священное право печалования о падших, слабых.